Segundo o novo acordo ortográfico, só se deve usar hífen se a palavra seguinte começar por h ou vogal igual à vogal final do prefixo.
exemplos:
auto-hipnose
auto observação
contra-almirante 
contra-ataque
extra-hepático
infra-assinado
neo-hamburger
proto-história
semi-inconsciência
semi-interno
ultra-aquecido
supra-anal
O Hiífen passa a ser obrigatório se a palavra seguinte começa com a letra h. Na regra antiga havia exceções.
exemplos:
Sub-Hepática
Sub-Humano
sempre usar o Hífen no caso dos seguintes prefixos:além,aquém(exceções:bendizer,benquisto);ex(quando o sinônimo de anterior), Grã,grão,pós, pró,recém,sem(quando sinônimo de inúmeros),sota/soto,vice/vizo
Não se emprega o Hífen com a palavra não com função prefixal.
Como era:                                                    Como fica:
não-pagamento                                    não pagamento
não-participação                                  não participação
não-violência                                        não violência
não-alinhado                                        não alinhado
não se deve usar o hífen em palavras que perderam a noção de composição.
exemplos:
Girassol, madressilva,  mandachuva, paraquedas, paraquedista, pontapé.